常見的超音波洗牙只能去除牙肉上方及牙齒表面的牙結石，一旦致病菌進入牙齦下方，就必須採用更深層的治療方式，此時就可以使用水雷射做為治療方式。

水雷射牙周治療，相較傳統牙周手術，會明顯降低疼痛、不適感。但是需要施打的麻醉劑量較低或甚至不需注射麻醉即可進行。和傳統牙周病治療不一樣的是「不需翻瓣手術」，可以避免刮刀所造成的疼痛，還能縮小傷口，更有加速傷口癒合的效果。

通常會建議「中後期」的牙周病患者可以採用水雷射治療的方式，對於在牙齦下的感染組織有很大的滅菌效果，更能處理牙齒死角及牙根分岔處的細菌。

雖然水雷射已能有效減少不適及感染的機率，但在治療結束初期，還是要盡量避免任何會影響傷口復原的因素，例如：食用太冷、太熱及太辣的刺激性食物；吸菸、喝酒或不良的生活習慣等。

水雷射牙周並不包含在健保給付內，基本上第二階段開始的牙周病療程，許多醫材費都需要自己負擔。

水雷射治療後，如果沒有認真做好口腔清潔，還是有可能會復發的。要避免牙周病，還是需要倚靠良好的刷牙習慣與定期檢查，並不是一兩次的治療就能完全復原喔！